首先，股东协议纠纷属于合同纠纷一种，由被告住所地或者合同履行地的人民法院管辖。因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。最高院在的民诉法司法解释明确，合同约定履行地点的，以约定的履行地点为合同履行地。合同对履行地点没有约定或者约定不明确，争议标的为给付货币的，接收货币一方所在地为合同履行地；交付不动产的，不动产所在地为合同履行地；其他标的，履行义务一方所在地为合同履行地。即时结清的合同，交易行为地为合同履行地。合同没有实际履行，当事人双方住所地都不在合同约定的履行地的，由被告住所地人民法院管辖。

其次，其他与公司有关的纠纷，由公司住所地人民法院管辖。公司设立、确认股东资格、分配利润、解散等纠纷提起的诉讼，由公司住所地人民法院管辖。最高院在的民诉法司法解释明确，因股东名册记载、请求变更公司登记、股东知情权、公司决议、公司合并、公司分立、公司减资、公司增资等纠纷提起的诉讼，依照《民事诉讼法》第二十六条规定确定管辖。

一、主从合同纠纷的管辖

债权人如果将主合同和从合同的当事人一起起诉到法院，应当根据主合同确定管辖。担保合同是主合同的从合同，因从合同产生的诉讼从属于因主合同产生的诉讼。

因此，法律规定主合同和担保合同发生纠纷提起诉讼的，以主合同确定管辖。主合同的管辖地无非是债务人住所地或者主合同履行地。由于在一般保证情况下采用共同诉讼的模式，即债权人仅起诉一般保证人，不起诉债务人的，人民法院应当追加债务人为共同被告，因此，一般保证情况下永远是以主合同确定管辖。其他物的担保合同，比如抵押合同、质押合同也是主合同的从合同。