实践工程款结算纠纷处理过程中，通常存在的纠纷案由主要有以下几方面问题。

（一）工程量纷争

工程量纷争一般与工程合同生效后的工程量增加有直接关系，但是这一类工程量增加未能做出及时的数据记录。并且也有很大可能是其未能与三方参建单位进行联系沟通，如隐蔽工程的工程量很容易被忽视，如果记录、处理、交流不及时，很肯能让发包商提出质疑。

（二）竣工决算时间的争议

建设工程承包合同签署之前承包方会提交一份预算报告，工程竣工后再由承包方提出决算报告，经发包方审核达成一致后由发包方支付。承包方提交决算报告的前提是工程竣工。竣工在实际执行过程中的情况比建设工程承包合同的竣工要复杂得多。承包方往往认为合同约定的工程量履行完毕，发包方也以整个工程没有竣工为理由，而拒收承包方的决算报告，发包方就以决算不成熟为由拒付工程款。

（三）合同违约的争议

无论承包方的逾期竣工，还是发包方未能提供施工进场的条件、中期擅改设计、未按形象进度支付进度款、建设工程材料不能及时供应从而造成停工等情形，最终都以违约金的形式反馈到工程款的结算中。违约之争在建设工程结算纠纷中比较常见。

（四）材料价格市场波动的问题

工程项目在投标阶段一般会考虑建筑原材料价格5%一10%左右的涨幅度，但受材料市场价格波动影响，某些诸如钢材、涂料等原材的价格上涨幅度会受到影响，上涨程度涨至超出正常预算价格的三十个百分点以上，面对这三十个百分点的剧烈价格波动，如果未能与发包单位协商意见取得一致，就会引发工程款结算问题的矛盾纠纷。

（五）总包和分包争议

所谓分包是指，总承包商与建设单位进行商议，取得对方批复后委托一批专业劳务单位进行相关责任分工。如果此时分包全额工程款已经结算处理完毕，发生争端的几率或可能性就会降低。但是，如果这时发包一方只展开了部分结算，则很容易促成总包单位与分包单位之间引起争执。除此之外，两者之间除了结算工程款外，还有可能在管理费上出现争执。同时，建设单位如果在争端已经发生时也参与进来，暗示某一方单位，此纠纷事件的处理必然会更加繁复。

（六）尾款相关争议

工程项目待到竣工交付后，经济成本承包责任人应当履行合同的条款要求对工程进行保修。而为了确保合同下的承包单位能够履行自身义务，发包一方一般会在此阶段预先交付大部分的工程款，目的是为了让承包单位履行维修义务后在交付剩余款额。而这一阶段之所以出现争端。是工程投产运营前后保修义务未尽到而引起的。