一、区分本罪与非罪

区分本罪与国家工作人员工作失误的界限。如果行为人主观上不是明知，而是出于其业务知识、经验不足，或者是调查研究不够充分，工作作风不够深入，思想方法简单片面造成认识偏颇而发生的错误行为，即使造成一定危害后果的，一般也不构成犯罪，如果情节严重或者造成重大后果而构成其他犯罪的，应以其他相应犯罪论处。

二、区分本罪与徇私枉法

两罪都是特殊主体，都表现为徇私枉法，都侵犯了国家机关的正常活动。但两罪之间的区别是明显的：

(1)主体不同。本罪的主体是行政执法人员;后罪的主体是司法工作人员。

(2)客观行为不同。本罪是利用行政执法的职权，对依法应当移交司法机关追究刑事责任的不移交的行为;后罪则表现为利用司法职权，违背事实和法律，作刑事枉法追诉或者枉法裁判的行为。

(3)本罪侵犯的直接客体是行政机关的行政管理、行政执法活动;后罪侵犯的直接客体是司法机关的正常活动。

三、区分本罪与包庇罪

其区别在于：

1、犯罪主体不同。本罪的犯罪主体是特殊主体，即必须是行政执法人员才能构成;包庇罪由一般主体即可构成，

2、客观方面不同。本罪必须是利用职务之便或违背职责实施的行为才构成;而包庇罪不必利用职务之便即可构成。

徇私舞弊不移交刑事案件罪客观要件

本罪在客观方面，表现为对依法应当移交司法机关追究刑事责任的不移交，情节严重的行为。行政执法人员徇私舞弊行为首先必须是利用职务之便进行的。所谓利用职务之便，是指利用职权或者与职务有关的便利条件。职权是指本人职务范围内的权利;与职务有关的便利条件是指虽然不是直接利用职权，但是利用了本人的职权或地位形成的便利条件。

依法应当移交司法机关追究刑事责任的不移交，是指行政执法人员在履行职责的过程中，明知违法行为已经构成犯罪，应当移送司法机关追究刑事责任而不移送，予以隐瞒、掩饰;或者大事减小，以行政处罚代替刑事处罚。