哪个部门负责工程结算纠纷？以湖北省为例。《湖北省建筑市场管理条例》（2010年7月30日修订）第三十五条工程造价管理机构可以接受合同当事人的委托，调解建筑工程造价纠纷。

建设工程发包和合同价款管理办法（住房和城乡建设部令第16号12月11日，第四条国务院住房和城乡建设主管部门负责全国项目开发和合同计价管理工作。县级以上地方人民政府住房和城乡建设主管部门负责本行政区域内工程开发承包计价工作的管理。具体工作可以委托给项目成本管理机构。与工程结算有关的法律规定。

由于设计变更，建设工程的数量或者质量标准发生变化，双方不能就工程价款达成协议的，工程价款可参照当地建设行政主管部门在签订施工合同时发布的计价方式或计价标准结算。

建设工程施工合同有效，但建设工程未通过竣工验收的，按照本解释第三条的规定办理工程价款结算。第十九条当事人对工程量有争议的，应当按照施工过程中形成的签证等书面文件进行确认。承包人能证明发包人同意施工，但未提供签证文件证明工程量的，可以根据双方提供的其他证据确认实际工程量。第二十条当事人约定，发包人收到竣工结算文件后未在约定期限内答复的，视为批准竣工结算文件，按约定处理。承包人要求按竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。第二十一条当事人就同一建设工程分别订立的施工合同，其实质性内容与登记的中标合同不一致的，以登记的中标合同为结算依据。第二十二条当事人约定以固定价格结算工程价款，一方要求鉴定建设工程造价的，不予支持。