夫妻申请的经济适用房离婚房子可以通过夫妻协议的方式予以分割，也可以通过向法院起诉的方式予以分割。属于夫妻共同财产的，按照离婚房产分割的原则进行分割。并且应当对未取得经济适用房的另一方予以经济补偿。属于夫妻个人财产的，则离婚时经济适用房归个人所有。夫妻有协议的，按照协议的约定。

如何处理经济适用房的纠纷

发生经济适用房纠纷的处理方式有：可以通过和解或者调解解决，当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据纠纷内容向仲裁机构申请仲裁或向人民法院起诉。当事人应当履行发生法律效力的判决、仲裁裁决、调解书；拒不履行的，对方可以请求人民法院执行。

《中华人民共和民法典》第一千零八十七条

离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。

对夫或者妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。