宅基地纠纷可分为两大类：一类是因权属(包括所有权和使用权)不明引起的案件。按1995年12月18日国家土地管理局发布的《土地权属争议处理暂行办法》第2条、第4条、第29条的规定，当事人就宅基地权属发生争议的，由人民政府处理；当事人对政府处理不服的，可向法院提起行政诉讼。这类案件不属法庭管辖。另一类是因侵权或随意处分宅基地引起的民事案件，这类案件属法庭管辖。

宅基地纠纷的最大特点是它的伴生性，即宅基地纠纷往往同房屋纠纷、相邻权纠纷、婚姻、继承纠纷及分家析产纠纷相伴生，立案时常常作为上述纠纷案的一项诉讼法请求。只有在很少的情况下，才会单独发生而被单独立案。

一、关于农村宅基地纠纷立案时应当把握的问题

1、对原告资格的审查。原告应当是与争议宅基地有直接利害关系，即对该宅基地直接主张权利或因他人对其合法使用的宅基地实施了侵权行为而诉请人民法院保护的人。在原告提起侵权之诉时应当提交宅基地使用证。

2、对被告资格的审查。

(1)被告与原告所主张的权利有直接的法律上的利害关系，例如全部或部分占有争议宅基地的人；

(2)妨碍原告合法使用宅基地的人，例如，越界建房的人、阻止他人施工的侵权人等。

3、是否属于法院主管的宅基地纠纷。首先，审查是否属于行政案件；其次，审查有无其他不属于法院管辖的情况，如：国家机关、企事业单位将其使用的国家或集体所有的土地给单位职工建造私房，职工为建房用地发生纠纷的。另外，最高人民法院(90)民法字第2号的批复规定：“行政机关对土地争议的处理决定生效后，一方当事人不履行的，对方当事人不应以民事侵权案向法院起诉，应向行政机关提出申请，该行政机关依照《行政诉讼法》第六十六条的规定，可以申请人民法院强制执行，或依法强制执行。”在具体执行这一批复时应当把握，如果当事人所提侵权事项是处理决定未涉及的则应当立案受理。

4、宅基地案件按专属管辖的原则应当由宅基地所在地法庭或法院受理。把握立案时的审查只是根据原告的诉称作程序上的审查，并不做实体上的审查。经审查符合立案条件的立案受理，不符合条件的告知当事人到有管辖权的部门处理。坚持起诉的，裁定驳回起诉。