被告公司注销的处理办法是，如果原被告在诉讼中有达成调解协议或有生效判决的，按上述文书的规定处理；如果未达成任何协议，即注销的，原告可以起诉其清算组的成员。

一、注销公司的程序是哪些

注销公司的程序如下：

1、清算，公司在到登记机关办理公司注销手续前，必须依法进行公司清算，包括终止生产经营销售活动、公司事务、民事诉讼等；

2、注销登记申请，公司清算完成后，即可进入公司注销申请程序，清算后，公司需要在注销前出具并准备以下报告：公司清算组负责人或公司法定代表人签署的《公司注销登记申请书》；清算组成员《备案确认申请书》；

3、法院破产裁定、行政机关责令关闭的文件或者公司依照《中华人民共和国公司法》作出的决议；

4、股东会或有关机关确认的清算报告；

5、发布注销公司的报纸报样。

根据《中华人民共和国公司法》规定，公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。

二、公司的哪些情形需要特别清算，公司如何进行清算

公司注销的程序是：

一、清算：公司到登记机关办理公司注销程序之前一定要依法进行公司清算，包括终止生产经营销售活动、了结公司事务、了结民事诉讼、清理债权和债务和分配剩余财产等。

二、注销登记申请：公司清算完成后便可进入公司注销申请程序，清算后、注销前公司需要出具和准备如下报告：

1、公司清算组负责人或公司法定代表人签署的《公司注销登记申请书》；

2、清算组成员《备案确认申请书》；

3、法院破产裁定、行政机关责令关闭的文件或公司依照《公司法》作出的决议；

4、股东会或者有关机关确认的清算报告；

5、刊登注销公告的报纸报样；

6、法律、行政法规规定应当提交的其他文件。

三、公司债务重组是什么公司债务的注销过程是怎样的

公司债务重组又称债务重整，是指债权人在债务人发生财务困难情况下，债权人按照其与债务人达成的协议或者法院的裁定作出让步的事项。

公司注销是公司经营过程中发生主体资格消灭的情形。对于公司注销以后，公司债务的清偿需要按照法律规定执行。通常情况下，公司注销前应当进行清算，清算时对债务作出处理。

但是，很多情况下，股东为了逃避债务，不清算或者清算不合法甚至主动吊销执照的方式侵害债权人的利益。对此，法律给出了明确规定，以惩罚该类行为主体。