一、药品案件违法所得是否扣除成本

1、违法所得的认定——“全部说”+“获利说”

2、依据：药品生产、经营或使用中“违法所得”认定，一般情况采取经营收入的“全部说”，特殊情形是《药品管理法实施条例》第八十一所述的“药品经营企业、医疗机构未违反《药品管理法》和本条例的有关规定，并有充分证据证明其不知道所销售或者使用的药品是假药、劣药的……”则采取“获利说”。依据是国家食品药品监督管理局2007年2月回复江西省食品药品监督管理局的回复函，该“国食药监法[2007]74号”函指出：“一般情况下，《药品管理法》、《药品管理法实施条例》中的‘违法所得’，是指‘实施违法行为的全部经营收入’。《药品管理法》第八十二条、第八十七条规定的‘违法所得’是指‘实施违法行为中收取的费用’。《药品管理法实施条例》第八十一条规定的‘违法所得’是指‘售出价格与购入价格的差价’。”根据该函不难判断，涉及药品生产、经营、使用的“违法所得”，除《药品管理法实施条例》第八十一条规定的情形(药品经营企业、医疗机构无主观过错销售或使用假、劣药品)采取“获利说”外，其他情形均采取“全部说”。

3、举例：某药店销售擅自添加防腐剂的劣药15瓶，每瓶购进价7元，售价10元，按照“全部说”认定违法所得为150元，即10×15=150元。如果该药店未违反《药品管理法》和《药品管理法实施条例》的有关规定，并有充分证据证明其不知道所销售的药品被擅自添加防腐剂，主观无过错，则应按照“获利说”认定违法所得为45元，即(10-7)×15=45元。

二、违法所得没收程序

1、适用范围、条件。何种刑事案件、符合哪些条件，方可以启动违法所得没收程序呢?根据刑事诉讼法第二百八十条规定，可以启动违法所得没收程序的案件仅有两类：贪污贿赂重大犯罪案件和恐怖活动重大犯罪案件，其他案件不适用该程序。在上述两类案件，也不是毫无条件地适用嗨必须要满足以下之一：犯罪嫌疑人、被告人逃匿在通缉后一年内不能归案的，或犯罪嫌疑人、被告人死亡的。上述案件符合上述条件之一者，检察院方可向法院提出申请，依法启动违法所得没收程序。

至于何为重大犯罪案件，最高人民法院司法解释为：可能被判处无期徒刑以上刑罚的案件，或者在本省、自治区、直辖市或全国范围内有较大影响的案件，或者其他重大犯罪案件。这里采用两个标准，一是量刑幅度，二是案件影响力。拿贪污贿赂犯罪来说，根据刑法规定，贪污、贿赂超过10万元以上者，法定刑均在十年以上有期徒刑、无期徒刑或死刑，法定最高刑期死刑，当属重大犯罪案件，较易判断和掌握。但何为有较大影响，并无明确标准，实践中不太好把握，主观性较强，恐易导致司法擅断。

2、没收违法所得的财产范围。根据刑事诉讼法及最高人民法院的司法解释规定，下列财产属于应当予以没收的财产：

(1)违法所得：实施犯罪行为取得的财产及其孽息，如贪污、受贿所得等。

(2)涉案其他财产：犯罪嫌疑人、被告人非法持有的违禁品、供犯罪所用的本人财物，为刑事诉讼法所规定的应当予以没收的涉案其他财产。违禁品如非法持有的枪支弹药等。“供犯罪所用的本人财物”之表述，即是将该类财物严格限定于供犯罪所用且系本人所有的物品。虽是供犯罪所用，但非犯罪嫌疑人、被告人本人财物的，不在本程序规定的没收之列。如犯罪嫌疑人或被告人以自己所有的房屋作为预谋、策划犯罪的聚集点时，该房产将来即可能会作为涉案其他财产被依法没收。

3、违法所得没收程序性规定，即没收违法所得要经过哪些程序?

(1)申请的提出：应由犯罪地或犯罪嫌疑人、被告人居住地的市一级检察院，向对应的中级法院提出没收违法所得的申请。如被告人系在审理过程中死亡的，原审理法院也可受理申请。

(2)法院审查、受理：法院对没收违法所得的申请，应在7日内审查完毕，决定是否受理。决定受理的，应在十五日内发出公告，公告期为六个月。公告范围：应在全国公开发行的报纸或法院的官方网站予以刊登，并在法院公告栏张贴、公示。如法院已掌握犯罪嫌疑人、被告人近亲属和其他利害关系人的联系方式的，应直接告知并记录在案。

(3)犯罪嫌疑人、被告人近亲属、其他利害关系人参加诉讼。上述人等应在公告期内申请参加诉讼，可以委托代理人。其他厉害关系人是指对申请没收的财产主张所有权的人。

(4)审理。公告期满后，法院应组成合议庭进行审理。根据不同情况，法院会作出没收或驳回申请的裁定。

(5)终止审理情形：在审理没收违法所得过程中，犯罪嫌疑人或被告人归案的，应当终止审理。

(6)不服没收或驳回申请裁定的救济：a、对没收财产的裁定不服的，犯罪嫌疑人、被告人近亲属或其他利害关系人可以在收到裁定书之日起五日内提起上诉;检察院对驳回申请的裁定不服的，也可以在五日内提出抗诉。

b、没收违法所得的裁定生效后，犯罪嫌疑人或被告人到案并提出异议的，法院应视情形不同分别处理：原裁定正确的，予以维持;原裁定确有错误的，应撤销原裁定，对涉案财产一并作出处理。

c、依照审判监督程序予以纠正已生效的没收违法所得裁定。