1．银行付款责任不同

在信用证业务中，开证行承担第一性付款责任；在银行保函业务中，见索即付保函银行承担第一性付款责任，而有条件保函银行则承担第二性付款责任。

2．适用范围不同

信用证业务一般只适用于货物买卖，而银行保函除适用货物买卖外，更多的用于国际工程承包、投标招标、借款贷款等业务，因而适用范围更广。

3．对单据要求不同

信用证项下货运单据是付款的依据，单证不符银行可拒付，银行保函项下单据不是付款的依据，一般凭索赔书或其他文件付款。

4．能否融资不同

信用证项下受益人可通过议付取得资金融通，而银行保函项下单据不成为索汇的依据，也不能作抵押贷款，受益人不能取得资金融通。

5．与合同关系不同

信用证与合同是两个完全独立的契约；而出具有条件的保函的银行，当受益人以对方不履约，提交书面陈述或证明，要求银行履行赔偿诺言时，银行一般须证实不履约的情况，如果双方意见不一，保证银行就会被牵连到交易双方的合同纠纷中去。有的国家，如美国、日本等，法律禁止银行介入商事纠纷，故不允许银行开立银行保函。

总的来说，银行保函与跟单信用证相比，当事人的权利和义务基本相同。所不同的是，跟单信用证要求受益人提交的单据是包括运输单据在内的商业单据，而保函要求的单据实际上是受益人出具的关于委托人违约的声明或证明。保函可适用于各种经济交易中，为契约的一方向另一方提供担保，另外，如果委托人没有违约，保函的担保人就不必为承担赔偿责任而付款。而信用证的开证行则必须先行付款。