第一、发行主体的差别

公司债券是由股份有限公司或有限责任公司发行的债券，我国2005年《公司法》和《证券法》对此也做了明确规定，因此，非公司制企业不得发行公司债券。企业债券是由中央政府部门所属机构、国有独资企业或国有控股企业发行的债券，它对发债主体的限制比公司债券狭窄得多。在我国各类公司的数量有几百万家，而国有企业仅有20多万家。

第二、发债资金用途的差别

公司债券是公司根据经营运作具体需要所发行的债券，它的主要用途包括固定资产投资、技术更新改造、改善公司资金来源的结构、调整公司资产结构、降低公司财务成本、支持公司并购和资产重组等等，因此，只要不违反有关制度规定，发债资金如何使用几乎完全是发债公司自己的事务，无需政府部门关心和审批。

第三、信用基础的差别

在市场经济中，发债公司的资产质量、经营状况、盈利水平和可持续发展能力等是公司债券的信用基础。由于各家公司的具体情况不尽相同，所以，公司债券的信用级别也相差甚多，与此对应，各家公司的债券价格和发债成本有着明显差异。

第四、管制程序的差别

在市场经济中，公司债券的发行通常实行登记注册制，即只要发债公司的登记材料符合法律等制度规定，监管机关无权限制其发债行为。在这种背景下，债券市场监管机关的主要工作集中在审核发债登记材料的合法性、严格债券的信用评级、监管发债主体的信息披露和债券市场的活动等方面。但我国企业债券的发行中，发债需经国家发改委报国务院审批，由于担心国有企业发债引致相关对付风险和社会问题，所以，在申请发债的相关资料中，不仅要求发债企业的债券余额不得超过净资产的40%，而且要求有银行予以担保，以做到防控风险的万无一失；一旦债券发行，审批部门就不再对发债主体的信用等级、信息披露和市场行为进行监管了。

第五、市场功能的差别

在发达国家中，公司债券是各类公司获得中长期债务性资金的一个主要方式，在上世纪80年代后，又成为推进金融脱媒和利率市场化的一只重要力量。在我国，由于企业债券实际上属政府债券，它的发行受到行政机制的严格控制，不仅明年的发行数额远低于国债、央行票据和金融债券，也明显低于股票的融资额，为此，不论在众多的企业融资中还是在金融市场和金融体系中，它的作用都微乎其微。