法院不会将抚养权判归有家庭暴力的一方。根据对子女有利的角度，家庭暴力离婚孩子抚养权一般判给非过错方。

《民法典》第一千零八十四条规定，父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

子女抚养权怎么判？

法院应当从有利于子女身心健康，保障子女的合法权益出发，作出关于子女抚养权的判决。具体而言，应该遵循以下原则：

（一）两周岁以下的子女，一般随母亲生活。但母亲有下列情况之一的，可随父亲生活：患有久治不愈的传染疾病或者其他疾病，子女不宜与其共同生活；有抚养条件不尽抚养义务，而父亲要求子女随其生活的；因其他原因，子女确实无法随母生活的。

（二）父方或者母方均要求子女随其共同生活的，一方有下列情况之一的可以优先考虑：已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的；子女随其生活时间长；改变环境对子女健康成长明显不利的；无其他子女，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或者其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活的。

（三）父母双方抚养子女的条件基本相同，双方均要求子女与其共同生活的，但子女单独随祖父母或者外祖父母共同生活多年，且祖父母或外祖父母要求并且有能力帮助照顾好孙子女或者外孙子女，可作为子女随父或者随母生活的优先条件予以考虑。

（四）如果未成年子女在8周岁以上的，应该考虑子女的意见，并尽可能照顾子女的要求。补充说明：父母能否协议轮流抚养子女

一般情况下，父母离婚时，子女只随一方共同生活或者较多地随一方共同生活。

综合上面所说的，两个孩子的抚养权需要由父母双方来进行协商，在写协议书时就需要把孩子抚养权的归属，和抚养费的支付情况注明清楚，只要写清楚了之后此协议就会产生法律的效力，如果有一方违反其中的规定，这必然是会承担起法律的责任。

《民法典》第一千零八十四条

父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。