公司注销时，实收资本归还股东后，注册资本按投资比例退给股东不交所得税，但是在通过清算后，股东出资部分连同清算收益，按照比例退回股东，扣除出资部分，获得的收益部分要缴纳个人所得税。

一、公司清算偿还顺序

公司清算偿还分为以下四步，1、支付清算费用；2、支付职工工资和劳动保险费用；3、缴纳所欠税款；4、清偿公司债务；5、清偿后的剩余财产按照股东的出资比例分配。公司在清算过程中发现资不抵债的，应立即中止清算，并且依法向法院申请破产清算。公司清算中剩余财产的分配顺序，应当遵循以下规则，即有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。

二、企业吊销债权债务怎么办

企业吊销债权债务按照破产程序办理，同时通知、公告债权人办理债权登记。处置公司一般财产（非抵押财产）的收益，扣除破产费用、职工工资、安置费用和税款后，不足清偿全部债务的，一般债权人应当按比例清偿。剩余债务由全体股东按照出资比例或者公司章程分配。公司依照法律规定的程序撤销公司时，应当成立清算组，公告清理债权债务。债权人自公告之日起四十五日内未申请债权的，视为自动放弃。未经公告和清算的，由股东承担法律责任。

三、个人公司破产清算赔偿顺序

首先破产财产的清算顺序为：破产企业所欠的工资和劳动保险费。破产企业所欠税款。其次公司财产按股东出资比例分配，股份有限公司在支付清算费用、职工工资、社会保险费和法定赔偿金、缴纳所欠税款、清偿公司债务后，分配剩余财产公司。有限责任公司按照股东的出资比例分配资产，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配资产。公司必须先付清欠员工的工资，然后再支付所欠税款，然后再偿还债务。最后如有剩余，合伙人应当按照事先约定的比例或者方法平分。