日本留学签证办理流程如下：

1.办理护照，如果已有护照的需要查看一下护照的有效期到什么时候，以免到时过期不能用。

2.向被录取的日本大学招生办或学部/学院的事务所寄出办理在留资格认定证明书所需材料;这一阶段所需时间较长，需要留好充足的时间，以免耽误入学。

3.收到日本大学寄来的在留资格认定证明书后进行签证材料准备。

4.前往日本国驻中国各大使馆或总领事馆指定的代办机构办理。

5.一周后凭收据领取签证。

日本留学签证申请材料的审查一般需要4个工作日。因代办机构需要周转时间，预计一周左右。另外根据具体情况，有时可能会延长审查时间。