与现行本式往来港澳通行证不同，电子往来港澳通行证为参照有关国际标准设计制作的卡式证件，往来港澳签注也不再采取贴纸的方式，而是直接打印在证件背面(可以重复擦写)。内地和港澳地区口岸查验部门查验新版通行证时不再加盖验讫章，签注使用情况由信息系统记录管理，有需要的持证人可向内地及港澳地区主管部门查询签注剩余次数等信息。

江苏省公安厅出入境副局长崔局长介绍，卡片式港澳通行证内置芯片，卡片中包括申请人的照片、指纹以及个人基本信息。