包工包料要是不合格就好处理了，无论是材料问题还是施工工艺问题，都直接按合同索赔就行了，可以要求返工处理

一、施工合同备案由谁办理

根据《中华人民共和国建筑法》第三十一条规定，（合同备案）发包单位应当在建设工程合同签订的30日内，送工程所在地建设行政主管部门备案。

合同发生重大变更的，发包单位应自合同变更后15个工作日内，将变更协议送原备案机关备案。

同时，根据《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》（建设部第89号令）第47条规定订立书面合同7日内，中标人应当将合同送县级以上建设行政主管部门备案；在施工过程中，各级政府建设工程质量监督管理部门还要对工程建设的质量进行全面监督。日常中施工合同备案是由建设单位办理的，但也存在双方一同办理备案的情况。

二、施工总承包合同一般采用什么合同

1、施工总承包合同，指约定一家承包商组织实施某项工程或某阶段工程的全部任务，对主承担全部责任，履行承包商所拥有的全部权利的合同。

2、施工总承包一般包括土建、安装等工程，原则上工程施工部分只有一个总承包单位，装饰、安装部分可以在法律条件允许下分包给第三方施工单位，如果双方在施工的过程之中，受到了另外一家施工单位的干扰，可以向建设单位索赔施工干扰，降低效率的费用。或者直接收取施工配合费、管理费等其它费用。在建筑工程中一般来说土建施工单位即是法律意义上的施工总承包单位，土建施工单位负责整个建筑工程的建设与服务，如果存在分包工程时也负责包括：提供水电接口、提供垂直运输、土建收口、施工脚手架、竣工资料归档、成品保护、平行交叉影响、铁件预埋等总包单位的服务和配合管理责任。按国家规定通常3％－5％计取配合费，有时另按5％－20％收取工程管理费。