实质性审查指国家工商行政管理局商标局指定审查员对已通过形式审查并已编定申请号的商标注册申请，就其申请商标的合法性及其显著性等等进行的审查，从而对该项商标注册申请作出准、驳的初步审定结论。实质性审查的依据就是国家工商行政总局商标局、商标评审委员会根据《商标法》和《商标法实施条例》的法律规定所具体确定的解释标准——《商标审查标准》。

以前，《商标审查准则》一直是再商标局和商标评审委员会内部使用的，2005年12月31日国家工商行政总局商标局和商标评审委员会首次对外共同公开发布了最新的《商标审查标准》，该《商标审查标准》是在1994年《商标审查准则》和近三年《商标局商标审查业务会议纪要》的基础上，结合商标审查实践，参考美国、法国、丹麦、欧盟等国家或地区的商标审查标准，先后在商标局内进行了近40次讨论，与商标评审委员会进行了4次讨论，征求了美国专利商标局、国际商标协会的意见，并于公开征求了社会各界的意见所形成的。