一般情况下，新三板股权交易不易发生纠纷，因为新三板股权交易往往都是通过全国股转系统交易的。但并不是说新三板股权交易，就不会发生纠纷，现实生活中，股权出让人与证券公司、股权出让人与受让人，仍然会出现各种各样的纠纷。这时，想要通过法律途径维护自身权益的，就需要选择合适的法院起诉。

现阶段，当新三板股交易发生纠纷的时，可以到股权转让协议的约定的法院或被告所在地的法院起诉。

当事人是可以事先约定纠纷处理的法院，当出现纠纷，有无法协商处理的，就可以按照约定到指定法院提起诉讼，通过法律途径维护自身合法权益的。倘若双方没有约定纠纷处理法院的，按照民事诉讼中“原告就被告”的通行原则，原告往往就需要到被告的所在地法院提起诉讼。

当然了，要是不知道该那个法院起诉的，建议向律师咨询或拿着相关资料到法院咨询工作人员，从而确定要到那个法院起诉。否则，通常会出现以下两种结果：被法院驳回起诉或被告提起管辖异议。

在起诉时，当法院认为其无权管辖时，往往会驳回起诉并告知该到那个法院起诉。倘若法院受理起诉，但被告认为该法院无管辖权的，就会提起管辖异议，要求到其他有管辖权的法院进行诉讼。尽管被告提出管辖异议，不一定成功，但是肯定都会拖慢诉讼进程，对原告都是不利的。

此外，需要注意的是，打官司就是打证据，因新三板股权转让发生纠纷了，倘若没有充分的相关证据资料，即便到法院起诉了，也是不能胜诉的。如不知道该如何收集证据资料或收集证据资料存在困难的，可向经济纠纷律师咨询。