自诉案件被告被羁押的应在犯罪行为发生地的人民法院立案，根据刑事案件管辖原则，自诉案件由基层人民法院管辖，刑事案件由犯罪地的人民法院管辖。如果由被告人居住地的人民法院更为适宜的，可以由被告人居住地人民法院管辖。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第二十五条

刑事案件由犯罪地的人民法院管辖。如果由被告人居住地的人民法院审判更为适宜的，可以由被告人居住地的人民法院管辖。

一、刑事自诉案件立案条件有哪些？

依据自诉案件的特征和法律有关规定，自诉案件提起诉讼的条件是：

(一)有适格的自诉人

在法律规定的自诉案件范围内，遭受犯罪行为直接侵害的被害人有权向人民法院提起自诉。被害人死亡、丧失行为能力或者因受强制威吓等原因无法告诉，或者是限制行为能力以及由于年老、患病、盲、聋、哑等原因不能亲自告诉的，被害人的法定代理人、近亲属有权向人民法院起诉。

(二)有明确的被告人和具体的诉讼请求

自诉案件的刑事诉讼程序由于自诉人的起诉而引起，对于自诉案件，公安机关和人民检察院均不介入，因此没有公安机关的侦查和人民检察院的审查起诉。自诉人起诉时应明确提出控诉的对象，如果不能提出明确的被告人或者被告人下落不明的，自诉案件不能成立。自诉人起诉时还应提出具体的起诉请求，包括指明控诉的罪名和要求人民法院追究被告人何种刑事责任。如果提起刑事自诉附带民事诉讼，还应提出具体的赔偿请求。

(三)属于自诉案件范围

(四)被害人有证据证明

被害人提起刑事自诉必须有能够证明被告人犯有被指控的犯罪事实的证据。

(五)属于受诉人民法院管辖

羁押被告的前提条件建立在法院已经立案的基础上，如果法院都没有立案，就不可能无故羁押被告方，假如说是在被告被羁押的情况下又涉及其他的民事纠纷的话，只能等刑事案件审理完了再处理民事纠纷。