批捕两年还没有公诉是否合法应当由具体情况而定，如果案件的调查取证比较特殊，对犯罪事实不能认定，司法机关可以申请延长审理时间。涉嫌刑事犯罪，两年没有判决仍然有可能在刑事诉讼期限内，但属于特殊案件。如果当事人或代理人认为司法机关有违法羁押行为的，有权向该机关申诉或者控告。犯罪嫌疑人的羁押期限具体包括公安机关刑事拘留及批准逮捕期限和侦查期限、检察机关提起公诉期限及人民法院审理判决期限等。

一、法律依据

(1)刑事拘留及批准逮捕阶段：《刑事诉讼法》第八十九条：“公安机关对被拘留的人，认为需要逮捕的，应当在拘留后的三日以内，提请人民检察院审查批准。在特殊情况下，提请审查批准的时间可以延长一日至四日。对于流窜作案、多次作案、结伙作案的重大嫌疑分子，提请审查批准的时间可以延长至三十日。人民检察院应当自接到公安机关提请批准逮捕书的七日以内，作出批准逮捕或不批准逮捕的决定。”

(2)侦查阶段：《刑事诉讼法》第一百五十四条：“对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过两个月。案情复杂、期限届满不能终结的案件，可已经上一级人民检察院批准延长一个月。”

第一百五十五条因为特殊原因，在较长时间内不宜交付审判的特别重大复杂的案件，由最高人民检察院报请全国人民代表大会常务委员会批准延期审理。

第一百五十六条下列案件在本法第一百五十四条规定的期限届满不能侦查终结的，经省、自治区、直辖市人民检察院批准或者决定，可以延长二个月：

(一)交通十分不便的边远地区的重大复杂案件；

(二)重大的犯罪集团案件；

(三)流窜作案的重大复杂案件；

(四)犯罪涉及面广，取证困难的重大复杂案件。

第一百五十七条对犯罪嫌疑人可能判处十年有期徒刑以上刑罚，依照本法第一百五十六条规定延长期限届满，仍不能侦查终结的，经省、自治区、直辖市人民检察院批准或者决定，可以再延长二个月。

第一百五十八条在侦查期间，发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的，自发现之日起依照本法第一百五十四条的规定重新计算侦查羁押期限。

(3)审查起诉阶段：《刑事诉讼法》第一百六十九条：“人民检察院对于公安机关移送起诉的案件，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长半个月。”

(4)法院审判阶段：《刑事诉讼法》第二百零二条：“人民法院审理公诉案件，应当在受理后二个月内宣判，至迟不得超过三个月。对于可能判处死刑的案件或者附带民事诉讼的案件，以及有本法第一百五十六条规定情形之一的，经上一级人民法院批准，可以延长三个月；因特殊情况还需要延长的，报请最高人民法院批准。”

需要明确的是，一般情况下，批捕后不会存在两年还没有公诉的情况下，特殊情况下，如果诉讼案件的犯罪事实难以认定的，可以向上级机关申请延长审理期限，当事人的家属可以向司法机关询问案件的办理情况，如果确实是认定错误或者证据不足以支撑犯罪事实的应当释放当事人。