根据当事人的描述，该中介公司可能涉嫌违法犯罪。营业执照是企业或组织合法经营权的凭证，分正本和副本，二者具有相同的法律效力，正本应当置于公司住所或营业场所的醒目位置，营业执照不得伪造、涂改、出租、出借、转让。中介公司利用当事企业的营业执照进行违法活动，一般不会追究当事企业的主要犯罪责任。中介公司还能不能找到人，与当事企业是否承担法律责任并没有太大关系。因为刑事责任必然要由违法行为的行为人来承担。所以建议当事企业可以到公安经侦部门报案，由他们进行立案调查。但中介公司利用营业执照进行民事活动的（如签订合同），如构成表见代理（表见代理制度是基于被代理人的过失或被代理人与无权代理人之间存在特殊关系，使相对人有理由相信无权代理人享有代理权而与之为民事法律行为，代理行为的后果由被代理人承担的一种特殊的无权代理），当事企业有可能需要承担连带责任。当事企业需要做的是保存好证据，如与中介公司的协议书等，以便后期向中介公司追偿，也可向工商行政管理机构进行挂失补办。当事企业的相关发票可以拿回来作废重开。在本案中，当事企业也有一定过错。当事企业没有很好的起到监督作用，而是放任中介公司进行可能的违法犯罪活动，有一定责任。后期在相关部门追究责任时，当事企业也有可能受到如罚款等行政处罚，企业应该做好相关方面的准备。需要特别说明的是，因为当事企业的营业执照可能已经产生不法行为的记录，那么当事企业就很难在原营业执照下继续经营。所以建议当事企业重新成立公司并申请营业执照，以保证正常经营。如果当事企业还是想在原营业执照下继续经营，那么就只能通过补办、申请、说明等手续，重新领取发票并开具相应证件。