可以的。只要能够证明他们是父子关系就可以了。比如出生医学证明和身份证或者结婚证、户口本和身份证。遵循人户一致和居住地登记的原则。公民迁移，除在本户口管辖区内移居，只作住址变动登记，不作迁出、迁入登记外，凡是迁出本户口管辖区的，均可办理迁出、迁入登记。

父子户口不在一起，如何证明父子关系

1、如果当事人有《出生医学证明》的，可以用出生证明来证实两者之间的“父子”关系；

2、可以去要求提供该证明的单位等指定的医院或者其他具有鉴定资质的鉴定机构出具“亲子鉴定证明”来证实双方之间存在的“父子关系”；

办理亲子鉴定证明时，当事人应携带双方的身份证、社保卡等，根据工作人员的提示办理相关的手续（采集血样等）。

3、去村或者居委开出证实父子关系证明，凭证明带上户口本到户口所在地派出所出意见，加盖派出所公章就可以了。

亲子鉴定的法律效力：

（一）具有法律资质的鉴定机构作出的亲子鉴定结果有效。

双方私下去做亲子鉴定是允许的，法律承认具有亲子鉴定资格的医疗机构出具的证明。但如果是单方面鉴定，作为证据提到法庭后很容易被对方提出质疑并推翻。

（二）双方自愿、合格资质机构出具的鉴定结论可以作为认定亲子关系的辅助证据。

亲子鉴定必须以当事人同意为要件，法院不得强制取证。如双方当事人均同意做鉴定，应予准许。在处理此类案件中，亲子鉴定结论应作为鉴别亲子关系的证据之一，应与案件其它材料相印证，综合分析，做出正确判断。

若当事人坚持拒绝鉴定，可依照《关于民事诉讼证据的若干规定》“有证据证明一方当事人持有证据无正当理由拒不提供，如果对方当事人主张该证据的内容不利于证据持有人，可以推定该证据不成立”的规定，综合全案的其他证据及案情作出是否具有亲子关系的认定。

（三）单方委托民间机构所作的亲子鉴定结论无效。

法院一般认为，未经有关部门批准，个人私自到民间机构做鉴定，其亲子鉴定结果不具有法律效力。如司法程序确实需要做亲子鉴定，也应到司法机关指定的机构去鉴定。

《公安部下发户口管理规范》

第九条婴儿出生登记实行随父随母自愿原则，特殊规定除外。

第十条婴儿出生后一个月以内，应当由其父亲、母亲或者其他监护人凭【出生医学证明】、父母一方的居民户口簿、结婚证，在婴儿父亲或母亲户口所在地申报出生登记。

第十一条在同一设区市内，夫妻一方户口为家庭户、一方户口为集体户的，所生子女应当随家庭户一方申报出生登记。