公司恶意拖欠货款的处理方法如下所述：

1.代理律师接受委托代为追讨货款期间，当事人未经代理律师同意不得撤回委托。

2.当事人擅自撤回委托的，当事人应赔偿代理律师为追讨货款实际支付的费用以及期待利益损失，包括但不限于代理律师在当地合作代理律师事务所或追债机构所实际支出的费用。

3.代理律师可采取电话追讨、函件追讨、出具代理律师函、诉讼、仲裁等方式帮助当事人追讨货款。

4.具体追讨方式的采用，由当事人根据标的额的大小、证据完善程度、货款拖欠时间等案件具体情况自行决定。

5.无论代理律师采用何种方式追讨货款，当事人应积极配合代理律师追讨。

6.当事人应在代理律师的指导下，收集、整理涉案证据。

《中华人民共和国民法典》第一百八十八条规定：向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

《中华人民共和国民法典》第一百九十二条规定：诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。

诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；义务人已经自愿履行的，不得请求返还。