一是起诉要求确认股权转让协议无效，另一种办法是在公司召开股东会对其股权作出同意转让的决议时，要求确认股东会决议无效。

一、股权转让合同纠纷应怎么处理

股权转让合同纠纷应这样处理：

1、股权转让合同成立后，受让人起诉转让人继续履行合同；

2、公司要求确认股东转让的股权无效；

3、股权受让人以转让人欺诈为由要求撤销股权转让合同或者确认无效；

4、公司债权人发现注册资本不到位，要求转让人和受让人对公司债务承担责任，在这类纠纷中，股权转让合同的效力不能全部视为无效。在审判实践中，应具体检查转让人是否对受让人构成欺诈，以确定合同的效力或是否可撤销合同。

二、股东撤资流程

公司法明确规定股东是不能随意撤资的，因为股东一旦对公司履行完出资义务，就成了公司的注册资本，公司的注册资本是不能随意抽回的，如果股东抽逃出资的话会构成抽逃出资罪的。但股东可以通过正常渠道转出或通过减资的方式实现撤资目的：一、股权转让；股东可以通过将股权转让给其他股东或对外转让给第三人，转让给其他股东的，可以直接签订转让协议，不需要其他股东同意；对外转让给第三人的，则需要其他股东过半数同意，其他股东同时享有优先购买权，在签订股权转让协议后在工商行政管理部门办理相关的股权转让手续，并备案；二、减资，并由公司回购股权；以减资形式撤资的，需召开股东会，并由代表三分之二以上表决权股东通过，形成股东会决议。在完成公司减资后，应该前往工商行政管理部门办理相关减资手续。

三、股权转让步骤有哪些?

一、召开公司股东大会，研究股权出售和收购股权的可行性，分析出售和收购股权的目的是否符合公司的战略发展，并对收购方的经济实力经营能力进行分析，严格按照公司法的规定程序进行操作。

二、聘请律师进行律师尽职调查。

三、出让和受让双方进行实质性的协商和谈判。

四、出让方(国有、集体)企业向上级主管部门提出股权转让申请，并经上级主管部门批准。

五、评估、验资(私营有限公司也可以协商确定股权转让价格)。

六、出让的股权属于国有企业或国有独资有限公司的，需到国有资产办进行立项、确认，然后再到资产评估事务所进行评估。其他类型企业可直接到会计事务所对变更后的资本进行验资。

七、出让方召开职工大会或股东大会。集体企业性质的企业需召开职工大会或职工代表大会，按《工会法》条例形成职代会决议。有限公司性质的需召开股东(部分)大会，并形成股东大会决议，按照公司章程规定的程序和表决方法通过并形成书面的股东会决议。

八、股权变动的公司需召开股东大会，并形成决议。九、出让方和受让方签定股权转让合同或股权转让协议。

十、由产权交易中心审理合同及附件，并办理交割手续(私营有限公司可不需要)。

十一、到有关部门(工商局)办理变更、登记等手续。

有限责任公司股权转让的程序有：股东向非股东转让股权的，须先履行股东同意程序：

(1)转让股东书面通知其他股东征求同意

(2)在受通知30内不答复者，视为同意

(3)不同意的股东应购买，否则视为同意

(4)最终必须取得其他股东过半数同意。股东之间转让股权的，无须履行上述程序。