1、税务机关将纳税人纳入重点监控范围，并按照相关规定进行纳税评估，在评估过程中发现其存在隐瞒收入、虚开发票等行为，要求其补缴当期税款与滞纳金，并可按规定对其处以罚款，情节严重的移送稽查；

2、纳税人为走逃户的，按规定纳入重大失信名单并对外公告，同时利用系统核查受票方，核查其是否存在善意取得虚开增值税发票、恶意串通等情况，并按照规定进行查处，同时将走逃户纳税人直接评定为D级纳税人，承担D级纳税人后果；

3、对长期零申报且持有发票的纳税人，发票降版降量。同时可以按规定要求纳税人定期前往税务机关对发票的使用进行核查；

4、税务机关通过核查，可以按照相关规定采用成本费用公式核定纳税人收入。

一、零申报的定义

1、按照《国家税务总局流转税管理一司关于印发的通知？最早对增值税零申报进行了定义，零申报，是指一般纳税人的纳税申报既无销项税额也无进项税额，应纳税额为零。

2、按照《国家税务总局关于合理简并纳税人申报缴税次数的公告》（国家税务总局公告2016年第6号）的规定，随增值税、消费税附征的城市维护建设税、教育费附加免于零申报。

说明：零申报是指企业纳税申报的所属期内没有发生应税收入，此情况一般存在于未开展经营或者当期有收入未按规定如实申报。

通常情况下，税务机关认定半年以上为长期，当然具体时限还是以各省、市税务机关认定的时间为准。

二、为什么会出现零申报

原因如下：

1、工商登记改革后，市场主体办理了营业执照，但由于存在未能取得相关部门审批或者尚不确定从事何种经营行为等多种原因，较长时间没有发生经营行为的情况增多，导致出现零申报。

税务机关告诉你，不要担心，零申报属于正常申报。

2、纳税人开业后处于筹建期，但并不意味着纳税人可以随意申报。