专利保护和著作权保护不同之处如下：

保护的内容不同

著作权法保护形式，专利法保护创意思想。著作权法保护的是软件的源代码，软件的核心内容——技术方案的创新可以申请专利，适用《专利法》来保护，这样两者结合使软件得到更加完善的保护。

保护的条件不同

著作权是自动取得，取得的时间以开发完成的时间为依据，一完成即自动取得著作权，受到著作权法的保护，对软件的内容不进行任何的审查，无论软件源代码的写得如何，即自动取得著作权/版权，受著作权法的保护。专利则必须符合专利申请的条件，需要向专利局申请，是否授予专利权需要专利局进行审查后审批。

保护的时间不同

发明专利的保护时间为二十年，从申请日开始计算，但是受保护是在申请审批取得专利权之后，专利的审查的手续比较烦琐，从申请到取得专利权证书一般要3年左右的时间。软件著作权的保护时间为50年，从开发完成之日起就受版权保护。软件在获得专利权之前已经受到著作权法的保护，申请专利并不影响其受到著作权法的保护，有足够的耐心去等待专利的审批。