芝加哥公约将航空器分为民用航空器和国家航空器两类。公约只适用于民用航空器，不适用于国家航空器。根据公约规定，用于军事、海关和警察部门的航空器属于国家航空器。一缔约国的国家航空器，未经特别协定或其他方式的许可并遵照其规定，不得在另一缔约国领土上空飞行或在此领土上降落。公约规定，航空器具有其登记的国家的国籍。航空器在一个以上国家登记不得认为有效，但其登记可由一国转移至另一国。航空器在任何缔约国登记或转移登记，应按该国的法律和规章办理。

航空器飞越他国领空时，受领空地面国法律管辖，应遵守该国法律和规章。但在公海，航空器仅受其国籍国的法律管辖。飞行器在飞过沿海国的专属经济区时，有自由飞越的权利，但应遵守沿海国的有关法律和规章。在沿海国大陆架上覆水域的上空，有自由飞越的权利。在用于国际航行的海峡和群岛海道的上空，有过境通行的权利，但必须继续不停，迅速飞过，不得侵害海峡沿岸国和群岛国的主权，飞越时必须遵守国际民用航空组织制定的《空中规则》，并受海峡沿岸国入境条件的约束。

公约还规定了航空器在飞行时所必须遵守的规则，包括：

从事国际航行的每一航空器应载有适当的国籍标志和登记标志；

应按照公约的规定携带有关的文件；

应遵守飞入国的法律和规章；

没有得到一国的许可，不得载运作战用的军火或武器，飞入该国或在该国上空飞行。