据警方介绍，机场线南京南站共设置5个安检通道，安放5台大型安检X光机。进站乘客将由导流栏引导至各个安检通道，按照大型箱包必查、可疑物品必查、可疑人员必查的原则，与一号线南京南站同样每名乘客的物品都要接受安检通道机检查后方可进站。南京南站作为地铁设备安检的试点站，主要针对从高铁南京南站和长途汽车南京南站携带大行李进站的乘客。从一号线南京南站换乘前往机场线南京南站的乘客，可通过换乘通道，直接到达机场线南京南站。

地铁警方特别提醒，乘客携带的行李箱包要通过安检通道机的检查，前往机场线的乘客，玻璃、陶瓷等易碎品，鸡蛋、食用油等生活类物品、名牌箱包等请勿放入安检通道机，请自觉接受安检员手持式探测仪的检查。由于前往禄口机场搭机的乘客往往行李较多，提醒乘客在经过安检后，仔细清点随身行李物品，不要忘拿行李。为了地铁运营公共安全，提醒乘客切勿携带管制刀具、易燃易爆品等违禁品乘坐地铁，对于违法者地铁警方将依法予以处理。

2011年12月26日，地铁南京南站作为试点站，在全线范围内率先实行设备安检进站。据警方统计，开通近三年以来，设备安检模式进一步提升地铁安检的效率和质量，充分发挥了地铁安全防火墙作用，将各类违禁物品和安全隐患阻挡在地铁区域之外。据统计，今年仅半年以来，地铁警方在地铁南京南站累计安检进站乘客787万人次，查获违禁品1218件，其中管制刀具520把，打火机燃料548罐、仿真枪、弹弓、弓弩141把等。