公司经营本身就分为非法经营和合法经营。如果证明公司合法经营的一些相关手续都有了的话，那么就谈不上是非法经营的了。按照刑法的相关规定，公司若是进行非法经营，那么其相关的部门就会追究其直接管理人或者是相关的责任人刑事责任，因为这是属于单位犯罪的行为。

根据《中华人民共和国刑法》中的相关规定：

1.如果是单位、机关、公司、团体等所做出的事情行为对社会有危害的，那么按照法律规定视为单位犯罪，应该负起刑事责任的。

2.如果是在单位有进行犯罪的，那么单位不仅要缴纳罚金，并且有关部门还会对事件的直接管理人及负责人判处刑罚，其他的一些不知情的或者是对事情没有参与的人员，均不作任何处理。

3.非法经营是违反国家规定的经营方式，凡是对社会秩序管理有阻碍的，且情节严重的行为，处以拘役或者是五年以下有期徒刑;

4.在情节特别严重的情况下，处五年以上的有期徒刑，两种情况都会并处或者单独处罚一倍以上五倍以下的罚金，情节特别严重的行为，还有可能会被没收财产。

有下列情况的非法经营情况，都是按照上述情况进行处理：

一、所经营、售卖的物品没有经过法律法规的许可;

二、对于一些必须的证件进行非法的售卖转让等，像是一些法律法规的文件以及进出口许可证等文件;

三、私自非法经营的保险、证券等业务，以及对于一些工作承担私自非法的结算业务等，都是没有经过有关部门的许可的行为;

四、还有一些其他的相关扰乱秩序的非法经营的严重行为。