补充公积金采用和基本公积金一样的冲还贷方式。由于补充公积金账号和基本公积金账号存在关联，借款人在办理冲还贷手续时只要提供了基本公积金账号，计算机在扣款时就会根据关联规则自动从对应的补充公积金账户内进行扣款，扣款顺序先扣基本公积金账户，后扣补充公积金账户。

理解补充住房公积金的还款，还需要明确三种提取还贷的的方式：

（1）一次性还款法--即用提取的住房公积金余额一次性归还贷款余额后，借款人按照提取还贷后的剩余贷款本金和剩余还款期限重新计算的月还款额继续按月还款的办法。

（2）停还若干月法--即用提取的住房公积金余额一次性归还贷款余额后，根据提取的公积金余额与当前月还款额的倍数取整后，停还相应月数的办法，停还月数不得超过12个月（提取还贷的公积金余额大于12个月的月还款额的，停还月数也不得超过12个月）。停还结束后借款人须继续按月还款。停还期内产生的欠息，不收罚息，不计复利，在停还结束后的月还款中逐月扣还。（该办法目前有部分银行因系统原因而暂不受理）

（3）逐月还款法--即每月直接从委托人公积金账户中提取用于归还当月贷款本息的金额的办法。提取的公积金金额不足时，委托人应及时补足其还款金额。