商标侵权的认定部门是工商行政管理部门或人民法院。

工商行政管理部门对商标侵权行为的查处主要有两种形式：一是依职权主动查处;二是依投诉(举报)查处。《商标法》规定：对侵犯注册商标专用权的行为，工商行政管理部门有权依法查处。从此条的规定可以看到，只要发现商标侵权行为，工商行政管理部门就可以主动查处。但是，在实践中工商行政管理部门对商标侵权行为的主动查处，存在着向商标权利人求证比较困难的情况，这在一定程度上制约了此类案件的查处。所以，工商行政管理部门依据商标权利人投诉查处的案件占大多数。也就是说，在商标专用权的保护方面，目前在很大程度上、或者说主要还是被动保护，即商标权利人或利害关系人发现侵权行为后向工商行政管理部门投诉请求查处。

工商部门为制止商标侵权行为可以采取的措施主要是：

①责令立即停止侵权行为;

②没收、销毁侵权商品;

③没收、销毁专门用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具。

④处以罚款。

人民法院是依原告的起诉才能进行认定，施行不告不理的原则。