对于竞业禁止约定和保密协议，通常是在签劳动合同的时候一起签。按规定，员工跟公司签了劳动合同就是劳动关系，那么今后就工作发生纠纷属于劳动纠纷，处理的时候应该先找仲裁机构，仲裁不行的才能再去找法院维权。

签订了劳动合同，在以后发生像讨薪、工伤这种纠纷的时候，当然是按照劳动纠纷解决办法那样处理，就是先找有关劳动部门处理，特别是要先经过劳动仲裁，仲裁不行的才能再去找法院起诉。

但是，侵犯商业秘密违反了竞业禁止规定就不属于劳动纠纷了，因为侵犯商业秘密本质上属于侵权，违反竞业禁止本质上属于违约，所以，即使跟劳动合同一起签，那也不是劳动纠纷，所以应该提起违约诉讼或者侵权诉讼。

另外，在这里需要注意的一个问题是，侵犯商业秘密违反竞业禁止的违约诉讼和侵权诉讼，只能选择其中之一起诉，也就是要不要求侵权诉讼，要不要求违约诉讼。在选择上，完全看当事人自己选择，不过为了能过获得较多的赔偿金，如果约定的违约金较多的，建议可以要求违约诉讼。若是实际情况相反，约定的违约金不多，或者说没有确定违约金的，建议就可以要求侵权诉讼。

不过，不管是提哪个诉讼，建议都需要首先收集足够的违约、侵权证据。侵权诉讼中可以收集的证据包括能够证明自己的商业秘密没有公开，且是独有的等，而违约诉讼的话，就需要按照竞业禁止规定去整理证据。

在确定好证据之后，都可以先找对方谈一下先，看看能不能达成个和解协议，不成的话违约诉讼的直接起诉就行了。而侵权的话，还可以在走多一步，就是找工商行政管理部门处理。

最后，员工侵犯商业秘密违反竞业禁止，不管是提起什么诉讼都需要认定赔偿问题，建议损失较多，违约金约定不清的，可以直接找个专业的律师。