夫妻一方失踪孩子抚养权只能判给未失踪的一方抚养。根据《中华人民共和国民法典》规定，父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。

夫妻一方失踪如何起诉离婚

夫妻一方失踪，另一方可以在对方户籍所在地法院起诉离婚。一方下落不明满二年，对方起诉离婚，经公告查找确无下落的，一方坚决要求离婚，经调解无效，法院可依法判决准予离婚。对方户籍所在地与经常居住地不一致，要在对方经常居住地法院起诉。原告要提供身份证、结婚证、民事起诉状，感情破裂证据。

《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。