(1)、政府采购审计项目选择与立项。审计机关一般会根据财政支出类型有重点地选择涉及采购金额较大或具有代表性的采购项目作为审计重点，而基建项目的招投标活动往往成为政府采购审计的首选项目。

(2)、由审计的规划处与业务处共同商量，主要由业务处室根据往年经验，结合本年情况(包括审前调查)，拟定审计方案，经过协商与领导批准后确立为正式方案。

(3)、成立审计工作组，组长一般由具备一定职级或审计经验的人员担任，负责具体审计方案的制订、与被审计部门或单位的沟通协调等工作。

(4)、审计进驻与具体审计工作开展。审计具体实施方案确定后，审计机关会向被审计部门或单位发出审计通知书，然后派出审计工作组进驻被审计部门或单位，根据方案实施具体审计工作。如果需要，审计工作组有权根据审计进度进行延伸审计，主要包括采购单位、供应商、相关银行等。

(5)、审计意见交换与审计报告出具。当审计工作接近尾声时，审计工作组会结合审计具体情况与被审计部门或单位进行意见交换，当双方意见达成共识后，审计工作组会出具审计工作报告，就被审计内容发表意见或保留意见，并提出相关整改意见。如果涉及违法犯罪行为，审计机关还要移交司法机关处理。