一、行为人不能说明巨额财产来源合法的认定

刑法第三百九十五条第一款规定的不能说明，包括以下情况：

1、行为人拒不说明财产来源；

2、行为人无法说明财产的具体来源；

3、行为人所说的财产来源经司法机关查证并不属实；

4、行为人所说的财产来源因线索不具体等原因，司法机关无法查实，但能排除存在来源合法的可能性和合理性的。

二、非法所得的数额计算

刑法第三百九十五条规定的非法所得，一般是指行为人的全部财产与能够认定的所有支出的总和减去能够证实的有真实来源的所得。在具体计算时，应注意以下问题：

1、应把国家工作人员个人财产和与其共同生活的家庭成员的财产、支出等一并计算，而且一并减去他们所有的合法收入以及确属与其共同生活的家庭成员个人的非法收入。

2、行为人所有的财产包括房产、家具、生活用品、学习用品及股票、债券、存款等动产和不动产；行为人的支出包括合法支出和不合法的支出，包括日常生活、工作、学习费用、罚款及向他人行贿的财物等；行为人的合法收入包括工资、奖金、稿酬、继承等法律和政策允许的各种收入。

3、为了便于计算犯罪数额，对于行为人的财产和合法收入，一般可以从行为人有比较确定的收入和财产时开始计算。

三、巨额财产来源罪的特殊主体是国家工作人员

国家工作人员的财产都要按照法律的规定报告收入、房产、投资等事项，如果发现其收入与合法收入不一致的话，则要求作出财产来源合法的说明，如果当事人无法尽到说明责任，则会被认定为刑法上规定的巨额财产来源不明罪。虽然刑法上有不得自证其罪的原则，但是由于我国历史原因，对于国家工作人员的廉洁自好的要求和反腐工作的要求，便有了这个罪名的存在。

关于本罪的存废之争，近年来有逐渐增多的趋势。当初在立法机关决定设立此罪时，全国人大常委会副委员长王汉斌曾指出立法的背景是：近几年，国家工作人员中出现了个别财产来源不明的暴发户，或者支出明显超过合法收入，差额巨大，不是几千元，而是几万元、十几万元，甚至更多，本人又不能说明财产的合法来源，但有的很难查清具体犯罪的事实，因为没有法律规定，不好处理，使罪犯逍遥法外。然而现实情况是，设立这个罪名后不仅未能起到反腐利器的作用，遏制腐败现象，反而在一定程度上给腐败者以口实，伴随着贪官越来越多的不明财产，不仅让民众对此罪名充满了矛盾心理，也让学者对该罪的正当性提出质疑。