先减社保和各种需要从工资里扣除费用，再减个税5000元起征点，剩下的工资在按相应比例扣除个人所得税。

一、个人所得税专项扣除的工资是否可以抵扣

个人所得税专项扣除不是扣工资。专项附加扣除指的是，在计算综合所得应纳税额时，除了5000起征点和“三险一金”等专项扣除外，还允许额外扣除的项目，如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或住房租金，以及赡养老人等专项附加扣除等六项费用。专项附加扣除于2019年1月1日起施行，折算到月收入的个税计算方式如下：

月度收入-5000元起征点-专项扣除三险一金等-专项附加扣除-依法确定的其他扣除=应纳税所得额

因此，实发工资=应发工资-各项扣款（包括责任扣款和法定扣款）。

二、个人所得税专项扣除是否是扣工资

个人所得税专项扣除不是扣除工资。专项附加扣除是指在计算综合所得应纳税额时，除5000起征点、三险一金等专项扣除外，还允许额外扣除的项目，如子女教育、继续教育、重疾医疗、住房贷款利息或住房租金、赡养老人等。2019年1月1日起实施专项附加扣除，转换为月收入的税收计算方法如下：

1、月收入－5000元起征点－三险一金专项扣除－其他依法确定的扣除＝应纳税所得额；

2、所以实发工资＝应发工资－各种扣款。

三、个人所得税是从工资里面扣吗

公司账上给员工发工资个人所得税是直接从工资里扣的，即在发放工资时已经将个人所缴纳的个人所得税直接从工资里扣除发放。工资是先扣除五险一金再扣除个人所得税的，其中社保和公积金是同步扣除，不存在先后顺序，扣完五险一金之后，再减去个人所得税专项扣除项目，剩下的金额如果在5000元以上，就需要扣个人所得税，如果在5000元以下，就免除缴纳个人所得税。