免予刑事处罚和不起诉的主要区别有：

1、性质不同：免予刑事处罚是针对的对象是已经构成犯罪，但犯罪情节轻微不需要判处刑罚的人；不起诉的对象则包括不构成犯罪、指控犯罪证据不足或存疑、犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的人。

2、作出机关不同：免予刑事处罚由法院作出，而不起诉决定则由检察院作出。

《刑事诉讼法》第175条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。

《人民检察院刑事诉讼规则》

第三百六十八条具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件：

(一)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的；

(二)据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的；

(三)据以定罪的证据之间、证据与案件事实之间的矛盾不能合理排除的；

(四)根据证据得出的结论具有其他可能性，不能排除合理怀疑的；

(五)根据证据认定案件事实不符合逻辑和经验法则，得出的结论明显不符合常理的。