申报表与年度财务报表既有联系又有区别。申报表与年度财务报表相关，是指将最近三个会计年度的研发费用结构表和最近一年的高新技术产品（服务）利润表的相关数据纳入经审计的年度财务报表，二者适用的会计准则或会计制度一致，相关会计政策和会计估计不存在差异。但申报表与年度财务报表不同。根据《高新技术企业认定管理办法》和《高新技术企业认定管理指引》，编制最近三个会计年度的研发支出结构明细表和最近一年的高新技术产品（服务）收入明细表高新技术企业。所提供的数据能够直接反映企业是否符合认定条件。专项审计可以与年度财务报表审计相结合，也可以独立实施审计程序。无论企业以前年度财务报表是否由注册会计师审计，或者专项审计和年度财务报表审计是否由同一会计师事务所进行，专项审计可以按照《高新技术企业认定专项审计指导意见》（以下简称《指导意见》）的规定独立实施审计程序。如果结合上一年度的财务报表审计，确定的重要性水平应低于相应财务报表审计的重要性水平。在确定审计范围时，应考虑从上一年度财务报表审计中获得的审计证据的程度。

应该注意的是，重要性的性质和数量应结合具体环境加以考虑。

专项审计对高新技术产品或服务认定的要求，与专项审计中高新技术的认定有关，无论是高新技术产品（服务）的研发费用还是收入。注册会计师不是高新技术领域的专家。本指引规定如下：

（1）申报企业有责任正确界定研究开发项目和高新技术产品（服务）的具体范围。管理权限声明书由申请企业的技术负责人、法定代表人、财务负责人共同签署。

但是，指导方针还规定，在制定总体审计战略时，应明确说明分配给具体审计领域的资源，包括聘请研究开发项目复杂技术问题专家的工作。风险导向审计理念在专项审计中的应用《指引》要求我们了解申报企业及其研发项目和高新技术产品（服务）的环境，如了解申报企业产品（服务）的技术变化，了解产品（服务）的设置和分布申报企业的研发部门，为了解是否有专门的机构和人员从事研发活动，了解其应用环境，需要了解研发活动的固定资产投入情况和投入资金来源，申报企业是否制定了创建科技创新型企业的发展战略，是否将高新技术产品（服务）收入作为主要绩效评价指标。

该指南要求在申报细节、各种交易和列报识别层面识别和评估重大错报风险。需要从整体上判断申报细节层面的重大错报风险。如申报企业不能提供研发项目的相关计划和实施方案及研发记录，申报明细整体上可能存在重大错报风险。在申报明细层面的重大错报风险很可能源于薄弱的控制环境，特别是当其优于内部控制制度时，很可能伪造或篡改编制申报明细所依据的会计记录或相关文件。根据指引，注册会计师应当假设高新技术研发费用与高新技术产品（服务）收入之间存在欺诈风险；应当考虑，申报企业管理层可能有申请高新技术企业资格享受税收优惠政策的动机，导致高新技术研发费用和高新技术产品（服务）收入存在重大错报风险。

了解与申报细则相关的内部控制制度指南概述了与申报细则相关的内部控制制度，并强调了解这些内部控制是识别和评估重大错报风险以及设计和实施进一步审计程序的基础。与高新技术产品（服务）收入有关的内部控制，纳入企业产品或服务的销售控制。当高新技术产品（服务）的收益与研发激励或销售激励相关联时，企业通常会设计或增加相应的控制环节。注册会计师在进行审计时，需要了解申报企业是否能够保证销售额的准确记录，并对高新技术产品（服务）进行适当的分类。在财务报表审计中，与高新技术研发支出相关的内部控制一般没有具体提及。《指引》强调，研发费用控制通常是申报企业费用和成本控制的重要组成部分，要求注册会计师考虑影响其完整性、发生性、有效性的控制点，了解研发费用控制时，研发费用的准确性和分类。同时，《指导意见》给出了研发业务流程通常可能包括的主要活动，如项目审批与预算管理、人员管理、物资设备管理、项目收尾管理等。