一、收益风险

目前，多数土地股份合作社一方面向入股农户承诺保底分红数额，一方面再与承租者签订出租协议。这其中存在着较大的市场和经营风险。随着粮价的波动以及劳动力成本的提高，租入土地的公司并不能保证盈利。如果承租者出现亏损而无法支付租金，合作社将难以兑现保底分红。这时农民既不能从土地的规模化经营中获得土地的增值收益，又不能收回土地耕种，生活将更加困难了。

二、流动性风险

如果社员因退股而退地，势必影响土地规模的完整性而不利于流转，土地合作社面临潜在经营风险。但不允许退股，农民利益又难以保证。在股权设置上，对土地股的折算、资金技术股的标准及其他股权的衡量都很难准确规定，对股权分配也很难科学设置。

三、

就业风险

农民文化水平相对低下，在竞争愈加激烈的劳动力市场中处于弱势地位，造成失地农民的就业问题很难解决。在就业或者创业无门的情形下，农民只能依赖微薄的分红。这种坐吃山空的状态，很难保证未来生活的稳定。

四、规模风险

土地股份合作社的规模到底要有多大，规模的大小影响到土地股份合作社的边界在哪里?这又涉及到与人打交道，更为复杂。

五、市场风险

无论内股外租型还是自主经营型抑或是内股外租+自主经营型，产品都会受到市场行情波动影响。如果农民没有收益，肯定合作不起来，土地股份合作社也发展不起来。

六、治理风险

“内部人”控制容易使得股东(代表)大会、监事会形同虚设，合作社做不到一人一票，造成社员之间不能做到同心同力，影响社员之间的合作。

七、“政社合一”风险

作为独立的企业法人，合作社须有独立的名称、住所、出资方式和数额，与村行政组织之间必须完全脱钩。但是，现实情况是，村领导常常要兼顾合作社具体管理事务，合作社的经费开支有时也从村行政费用中列支，短期内难以做到真正的“政社分开”。