贪污了公司4万元钱当事人可以主动向检察机关自首。

公司员工贪污公款会被刑事拘留，情节较重的根据相关法律有关规定处二年以下有期徒刑或者拘役，情节较轻的由其所在单位或者上级主管机关酌情给予行政处分。

通常情况下，如果因为利用职务之便被依法追究形式责任的可以参考以下几点：

1、贪污数额较小的，如几百元或上千元的，当事人可责令限期归还，内部检讨，内部通报，单位领导会行为人进行严肃约谈，可不作纪律处分；

2、当事人可以与单位商量，把贪污的钱退出来，行政上给个什么处分，包括开除都是可以接受的；

3、如果单位不同意，当事人可以主动向检察机关自首，法律规定个人贪污数额在五千元以上不满五万元的，处一年以上七年以下有期徒刑；

4、不会追究当事人伪造票据的行为，伪造票据的是为了贪污，是手段行为，法学理论定义为牵连犯，择一重罪处罚，会追究当事人贪污罪的刑事责任。

贪污公司的钱，如果被公司向法院提起诉讼是会受到刑事的诉讼。