一般情况下，需要看员工的参与程度，在案件中所起的作用，一般情况下单位犯罪的，只对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。

一、单位犯罪负责人该怎样处罚

关于单位犯罪直接责任人员应当如何处罚，现行刑法没有明确规定。但《全国法院审理金融犯罪案件工作座谈会纪要》明确规定：“对单位犯罪中的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，应根据其在单位犯罪中的地位、作用和犯罪情节，分别处以相应的刑罚，主管人员与直接责任人员，在个案中，不是当然的主、从犯关系，有的案件，主管人员与其他直接责任人员在实施犯罪的主从关系不明显的，可不分主、从犯。但具体案件可以区分主、从犯，且不分清主、从犯，在同一法定刑档次、量刑幅度内就无法做到罪刑相适应的，应当分清主、从犯，依法处罚。”《纪要》反映了根据直接责任人员在单位犯罪中的地位、作用和犯罪情节来判处刑罚，而不依共犯处罚，明确了单位犯罪直接责任人员与共犯是两种不同性质的刑事责任人员。一般情况下，直接负责的主管人员在单位犯罪中处于支配地位，通常是单位犯罪的决策者和指挥者，对单位犯罪的实施起着决定性的作用，其行为的危害程度较重。而其他直接责任人员往往是在直接负责的主管人员的授意下具体执行的，所起作用较小，其行为的危害程度较低。因此，其他直接责任人员虽然参加了单位犯罪的实施，但是法律对其处罚在程度上应当轻于直接负责的主管人员。

二、单位犯罪只能起诉个人吗

单位犯罪中只起诉个人应该采取下列办法进行处理：法院应当根据公诉机关指控的犯罪事实、证据、庭审调查等，对被起诉的个人依法定罪量刑。法律规定，单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。