性质不同：免予刑事处罚是针对的对象是已经构成犯罪，但犯罪情节轻微不需要判处刑罚的人；不起诉的对象则包括不构成犯罪、指控犯罪证据不足或存疑、犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的

作出机关不同：免予刑事处罚由法院作出，而不起诉决定则由检察院作出。

存疑不起诉和绝对不起诉有什么区别

区别为概念不同、起诉条件不同。

（1）、概念不同

1、存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，作出的不起诉决定。《人民检察院刑事诉讼规则》第405条规定，人民检察院根据刑事诉讼法第171条第四款规定决定不起诉的，在发现新的证据，符合起诉条件的，可以提起公诉。这是检察机关对存疑不起诉案件保留公诉权的行为规范。

2、绝对不起诉又称法定不起诉，指《刑事诉讼法》第173条第1款和第171条第4款规定的不起诉。所谓法定，是指法律规定的“应当”，即是犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或具有《刑事诉讼法》第15条规定情形之一的，人民检察院应当做出不起诉决定，检察机关不享有做出起诉决定或不起诉决定的自由裁量权，只能依法做出不起诉决定。

（2）、适用条件不同

存疑不起诉规定中包括两个条件：

1、案件已经经过了补充侦查。这是对案件已经经过补充侦查，仍作不起诉决定的时机控制，也是作该决定的程序条件。一般而言，未进一步收集证据就认为不符合起诉条件。

2、证据不足，不符合起诉条件的。这是指证据不足以充分证明犯罪嫌疑人的罪行，以至于即使提起公诉，法院经过开庭审理，也很可能会宣告被告人无罪。

人民检察院对此种情形下的犯罪嫌疑人作出不起诉决定的，必须同时具备上述两个条件。

根据最高人民检察院《规则》第286条的规定，具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件：

1、据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的；

2、犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的；

3、据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的；

4、根据证据得出的结论具有其他可能性的。

在证据不足的情况下，我们不能保障案件能否顺利的进行，也不能保障能维护自身的权利。因此在遇到案件发生的时候，我们需要收集相关的证据证明，才能在案件的审理过程中，获得应有的赔偿以及获得案件的胜利，相反情况下，只能自己承受案件结果。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十一条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。

对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。

《中华人民共和国刑法》第三十七条对于犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以免予刑事处罚，但是可以根据案件的不同情况，予以训诫或者责令具结悔过、赔礼道歉、赔偿损失，或者由主管部门予以行政处罚或者行政处分。