先减社保和各种需要从工资里扣除费用，再减个税5000元起征点，剩下的工资在按相应比例扣除个人所得税。

个税=(工资-社保费-其他费用-5000)乘对应比例-速算扣除数

根据《中华人民共和国个人所得税法施条例》(2005年修订)第二十五条规定：按照国家规定，单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，从纳税义务人的应纳税所得额中扣除。

因此，依据上述规定，公司在为个人缴纳和应由职工个人缴纳的社保基金时，只要不超过当地政府所规定的比例，公司代扣代缴个人所得税的社保扣除数应包含公司为个人缴纳的部分和个人缴纳部分。超过规定比例的部分不允许个人所得税前扣除。

一、单位从工资中代扣代缴的费用

根据我国《劳动法》规定，用人单位可以从员工工资中代扣代缴下列费用：

1、工资的个人所得税；

2、员工个人负担的社会保险费；

3、协助执行法院判决、裁定由员工负担的抚养费、扶养费、赡养费；

4、法律法规规定的其他费用；

用人单位还可以从员工工资中扣减下列费用：

1、员工赔偿因本人原因造成用人单位经济损失的费用；

对于这一条的规定应该注意，员工是否给单位造成损失不是由单位单方面说了算了，如果单位认为造成损失，而员工认为没有造成损失的话，单位扣除工人的工资是会存在问题的。因为很多单位可能片面的，扩大化的，甚至是错误的将某些损失转嫁到工人的头上，这就不合理了。那么在出现这样的争议时，到底由谁说了算了，劳动法方面的法律法规未见有具体的规定。因此，在到底是谁造成损失的事实认定上还是应该通过仲裁、诉讼的司法程序来认定。当然了，如果用人单位和工人就谁造成了损失达成一致的话，那当然可以直接从工资中扣除了。

2、用人单位按照依法制订的规章制度对员工进行的违纪经济处罚；

对于这条的规定也应该注意一下：单位的规章制度应该是依法制订的，“依法”又包含两点，第一是内容依法，即规章制度的内容不得违反劳动法及相关规定，不得违反公平公正的基本原则，第二，程序必须依法，即必须是通过民主程序制订的，进行了公示，大家都知道该规章的存在。

用人单位一次扣除赔偿经济损失的费用和违纪经济处罚的费用不得超过员工月工资的20%。