增值税专用发票存根联遗失或者涂花不需要罚款，具体处理方法如下：

增值税专用发票、货物运输业增值税专用发票及增值税普通发票丢失、被盗、损毁致无法辨认代码或号码、灭失的，纳税人向税务机关报告，税务机关备案。

一、纳税人应提供

主表、份数《发票挂失/损毁报告表》，1份

二、纳税人应提供资料

(1)提供公安部门受理报案的有关材料。

(2)刊登遗失声明的版面原件和复印件。

三、税务机关承诺时限

办税服务厅接收资料，核对纳税人报送资料是否齐全、是否符合法定形式、填写内容是否完整，符合的受理并即时办结，登记备案;不符合的当场一次性告知纳税人应补正资料或不予受理原因。

四、办理部门

主管税务机关办税服务厅办理