大连车船税由大连市地方税务局直属局和各区市县地方税务局负责征收管理。

市内四区(包括高新园区)扣缴义务人代收代缴的车船税，由大连市地方税务局直属局负责征收管理;其他县市区扣缴义务人代收代缴的车船税，由扣缴义务人所在地主管地税机关负责征收管理。

不需要购买交强险的应税车辆和船舶应当缴纳的车船税，由车船登记地或纳税人所在地主管地税机关负责征收管理。

船籍港在辽宁海事局的，其船舶车船税由辽宁海事局代征;在大连海事局办理船舶登记等业务的应税船舶，其船舶车船税由大连海事局代征。