1.养老保险主体之间法律关系在操作中受到扭曲。个人账户的操作与管理涉及三层法律关系，即政府与企业、政府与职工及企业与职工这三层法律关系。但是，由于在养老保险业务操作管理方面，国家没有统一的、具体的操作管理办法，这样，各省、各地区之间在其管理上不尽一致，也不规范。

2.职工个人账户转移难。按照有关政策规定，职工在同一统筹地区内流动时，只转移基本养老保险关系和个人账户档案，不转移基金。职工跨统筹地区流动时，除转移基本养老保险关系和个人账户档案外，还需按规定转移职工个人账户基金，其转移金额分两个部分计算：1996年至1997年底前，只转移职工个人账户中的个人缴费部分的本金加利息;1998年1月1日后，转移个人账户全部本金加利息。这一规定致使职工调动工作个人账户转移难，特别是成建制的个人账户转移更是困难重重，难以协调。这不仅严重影响了劳动力向更有效的地方流动，而且也使职工的权利和利益受到损失。

3.个人账户核算不规范。目前，对个人账户的核算仅限于业务核算，没有进行会计核算。具体表现为：征缴的养老保险费不进行社会统筹基金与个人账户基金的分割，全部作为统筹性的基本养老保险基金收入;发放的离退休人员养老金，也不进行社会统筹基金与个人账户基金的划分，统一作为基本养老保险基金支出;通过基本养老保险基金收入和基本养老保险基金支出科目进行整体混合核算。在这种会计核算体系下，社会保险机构会计信息不能准确反映出职工个人账户基金，业务核算中的个人账户基金亦无法在会计核算中得到体现，因此，财务管理无法用具体的资金与个人账户基金相对应，导致个人账户是有名无实。据悉，截至2000年底，全国职工个人账户空账约2000亿元(恐怕实际数字比这大得多)。

4.经办机构内部的业务操作规程管理问题。目前，有些经办机构部门在养老保险业务操作规程上没有建立内部约束机制，有些社会保险经办机构的内部管理方法是：采取由经办人员对参保单位一竿子插到底的管理办法，即缴费工资的核定、征收、记账、计发待遇及养老金的发放，这种管理方法既不够科学，也不够规范，从而影响公平与效率的实现。

5.养老基金收支结算不规范。其结果：一是企业欠缴社会保险机构的养老保险费，二是社会保险机构欠企业退休人员的养老金，三是有些困难企业不但不能为其在职工缴纳养老保险费，而且，离退休人员的养老金还需要社会保险机构无偿垫付。