1.由上级人民法院以指定的方式确定管辖不明的案件的管辖权

管辖不明的情况，诸如刑事案件发生在两个人民法院管辖范围的交界处，而两个人民法院管辖的范围的行政区划没有确切的界限，犯罪地不能确定，这样形成互争管辖或互相推诿现象。在这种情况下，应当由争议各方在审限内协商解决;协调不成的，由争议的人民法院分别逐级报请共同的上级人民法院指定管辖。

2.由上级人民法院以指定的方式改变管辖权

实践中有时会出现有管辖权的人民法院不宜行使审判权的情况，包括本院院长需要回避的案件，因案件在该人民法院审判受到严重干扰而不能很好地行使审判权等情形。在这种情况下，应当由上级人民法院指定管辖。

最高人民法院《解释》第19条规定：上级人民法院指定管辖的，应当将指定管辖决定书分别送达被指定的人民法院和其他有关的人民法院。原受理案件的人民法院，在收到上级人民法院指定其他人民法院管辖决定书后，不再行使管辖权。对于公诉案件，应当书面通知提起公诉的人民检察院，并将全部案卷材料退回，同时书面通知当事人;对于自诉案件，应当将全部案卷材料移送被指定管辖的人民法院，并书面通知当事人。