1、侵犯的客体不同。前者侵犯的是国家的金融管理秩序；后者侵犯的是一般国家机关的正常管理活动；

2、客观方面表现不同。前者表现为玩忽职守或者滥用职权而非法发放贷款的行为，其造成的损失一般指经济损失；后者则只表现为玩忽职守的行为，其造成的损失可能是经济损失，也可能是人身伤亡，还可能是严重的政治影响等；

3、主体要件不同。前者的主体是中国经营贷款业务的金融机构及其工作人员；后者的主体是一般的国家工作人员，国家机关不能成为主体要件。

违法发放贷款罪与违法向关系人发放贷款罪区别

（1）行为对象不同。前者是向关系人以外的其他人发放贷款；后者是向关系人发放贷款。

（2）行为表现不同。前者表现为玩忽职守或者滥用职权而向关系人以外的其他人发放贷款的行为；后者表现为向关系人发放信用贷款或者发放担保贷款的条件优于其他借款人同类贷款的条件。

（3）构成犯罪的具体标准不同。前者要求造成重大损失的才构成犯罪；后者要求构成较大损失的就可以构成犯罪。