犯本罪的，处三年以下有期徒刑或者拘役，情节特别严重的，处三年以上十年以下有期徒刑。

所谓情节特别严重，是指出卖、转让的数量巨大，出卖、转让特别重要的房地产，因出卖、转让军队房地产而造成特别严重后果的等。

根据《中华人民共和国刑法》第四百四十二条规定，擅自出卖、转让军队房地产罪是指负有直接责任的军人违反《中国人民解放军内务条令》、《中国人民解放军房地产管理条例》及其他有关军队房地产管理和使用规定，未经有权机关借故依法审批，有偿或者无偿改变军队土地、房屋、国防工程设施、林木的产权关系，情节严重的行为。

认定本罪时，应注意区分本罪与非法转让、倒卖土地使用权罪和非法低价出让国有土地使用权罪的界限。这三种犯罪的对象都涉及到房地产，在定罪上可能发生混淆，应注意正确区分其界限。其主要区别是：

1、犯罪侵害的客体不同。擅自出卖、转让军队房地产罪侵害的是军队房地产的管理秩序，非法转让、倒卖土地使用权罪侵害的是国有土地管理秩序，非法低价出让国有土地使用权罪侵害的是国有土地管理秩序。

2、犯罪的客观方面不同。擅自出卖、转让军队房地产罪的对象是军队的房地产，表现为出卖、转让军队房地产的产权关系，非法转让、倒卖土地使用权罪的对象是一般土地，表现为转让、倒卖这些土地的使用权，非法低价出让国有土地使用权罪的对象是国有土地，表现为将这些国有土地非法低价出让。

3、犯罪主体不同。擅自出卖、转让军队房地产罪的主体是军人，非法转让、倒卖土地使用权罪的主体是一般公民，而非法低价出让国有土地使用权罪的主体是国家机关工作人员。