新版通行证中增加了电子芯片及多项物理防伪措施，制作成本较现行通行证大幅提高。但为不给申请人增加负担，新版通行证的收费标准不作调整。制作周期同样不变，窗口申请为10个工作日，网络或微信预约为7个工作日。

申请人首次申请电子往来港澳通行证(包括同时申请签注)，必须由本人提交申请。曾在本省、自治区、直辖市申领过或已持有效电子往来港澳通行证的申请人，符合现行规定代办情形的，可由相关组织和个人代为申请电子往来港澳通行证和签注。