不能。

银行或法院不能对小产权房进行查封拍卖。因为小产权房是法律所禁止出售的房屋，小产权房无法办理房产证，居住人虽然花钱购买了房屋，但是无法办理产证，因此也就无法确认其所有权，故无法对其查封拍卖。

一、法院拍卖房产流拍三次后怎么办

根据最高人民法院《关于人民法院民事执行中拍卖、变卖财产的规定》（法释［2004］16号，以下简称《规定》）第二十八条第2款规定：第三次拍卖流拍且申请执行人或者其他执行债权人拒绝接受或者依法不能接受该不动产或者其他财产权抵债的，人民法院应当于第三次拍卖终结之日起七日内发出变卖公告。自公告之日起六十日内没有买受人愿意以第三次拍卖的保留价买受该财产，且申请执行人、其他执行债权人仍不表示接受该财产抵债的，应当解除查封、冻结，将该财产退还被执行人，但对该财产可以采取其他执行措施的除外。

二、购买拍卖房如何防范风险

1、避免房屋产权风险，要看该房屋在拍卖前的所有权状况，如果该房屋在法院查封前属于合法登记的房产且产权手续齐备，则可依据法院的协助执行通知书办理房屋所有权证。

那么，如果该房屋在法院查封之前没有办理产权证或初始产权登记，且没有办理的原因是原所有权人存在违法行为或不具备产权登记的条件，相关政府主管部门不予登记的，这种情况购买查封的房屋是没法办理房屋所有权证书的。但如果原所有权人不能办理产权登记的情况，只因不具备主管机关要求的条件而无法办理，那么条件具备后或法院通过强制执行使之能办理所有权登记手续的，购房人也可以办理房屋所有权。

2、一般来说，如果因为开发商资金链断裂延期交房，这种房屋经常会因为在施工时偷工减料，开发商使用的建筑材料以次充好，导致存在质量瑕疵。但因为这些房子还没有经过长期实际居住使用，因此无法发现隐蔽问题。并且这些问题很难通过诉讼解决。